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宏基因组
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以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以微生物多样性、种群结构、进化关系、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的微生物研究方法，主要应用于群落结构分析、基因功能分析以及新物种的发掘。
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16S/18S/ITS 扩增子
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扩增子测序通过扩增16S/18S/ITS 的某一或某几个区域，可以方便快捷地检测目的区域的序列变异和丰度，进而对样本中物种分类及丰度、种群结构、系统进化及群落比较等方面信息进行分析。
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细菌基因组完成图
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细菌基因组（De novo）完成图，充分利用三代测序读长优势，已取代传统方法成为研究细菌基因组、进化遗传机制、关键功能基因发现的重要工具。
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宏转录组
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宏转录组以生态环境中的全部RNA为研究对象，能从转录水平研究复杂微生物群落变化，有效的扩展微生物资源的利用空间。
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宏病毒组
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宏病毒组直接以环境中病毒的遗传物质（DNA或RNA）为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。
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原核转录组
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原核转录组测序为研究基因的结构和表达调控功能提供了一个重要的手段，主要应用于功能基因的筛选、分子标记和药物靶点的筛选鉴定、药理与毒理学研究、生物代谢调控研究、疾病分型研究、small RNA 调控研究。
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